The 69 Eyes wurde 1990 als Sleaze- und Garage-Rock-Band in Helsinki gegründet. Durch Auftritte in lokalen Clubs erhielten sie einen Vertrag bei dem finnischen Underground-Label „Gaga Goodies“, bei dem sie 1992 ihr Debütalbum Bump’n’Grind veröffentlichten, gefolgt von drei weiteren Alben – Motor City Resurrection, Savage Garden und Wrap Your Troubles in Dreams.

Um 1999 nahm Roadrunner Records die Gruppe unter Vertrag, es folgte das erste international veröffentlichte Album Wasting The Dawn. Die gleichnamige Singleauskopplung, auf der Ville Valo den Backgroundgesang lieferte, wurde ein Hit in Finnland und kletterte bis auf Platz 5 der finnischen Singlecharts.

Im Frühjahr 2000 brachte die Band das Album Blessed Be heraus (produziert von Johnny Lee Michaels). Es wurde das erste Album der Band, das mit Gold prämiert wurde. Die Singles aus diesem Album waren Brandon Lee, Gothic Girl (Chartplatzierung FIN 2), The Chair und Stolen Season. Diese brachten der Band erste Erfolge in Deutschland.

August 2000 starteten The 69 Eyes auch ihre erste Europa-Tour, u. a. durch Deutschland, und spielten erstmals auf dem bekannten M’era Luna Festival. Ihr Support auf dieser Tour war die norwegische Band Zeromancer. Im Mai 2001 tourte die Band dann mit Paradise Lost.

Dance d’Amour war im Februar 2002 die erste Singleauskopplung aus dem Album Paris Kills. Diese wurde der bisher größte Erfolg der Band in Finnland und erreichte erstmals Platz 1 der finnischen Charts, wo die Single auch für fünf Wochen blieb. Aber auch das Album selbst wurde zum Erfolg. Es stieg auf Platz 1 der Album-Charts ein und erreichte wie schon die Single Gold-Status.

Im Frühjahr 2003 spielten sie beim Wave-Gotik-Treffen in Leipzig. Die dritte Auskopplung aus dem Album Paris Kills namens Crashing High erschien im September des gleichen Jahres. Ende des Jahres 2003 veröffentlichten The 69 Eyes die Best-of-Compilation Framed in Blood – The very blessed of the 69 Eyes und die DVD Helsinki Vampires, die u. a. Liveaufnahmen eines Konzertes im Klub „Tavastia“ enthalten. .

Anfang 2004 erhielt die Band einen Plattenvertrag bei Virgin Records, wo im Herbst 2004 das Album Devils erschien. Wie zuvor schon Paris Kills erreichte auch Devils Platz 1 der finnischen Album-Charts und erhielt eine Goldene Schallplatte. Die erste Single daraus hieß Lost Boys. Das Video dazu, eine Hommage an den Film The Lost Boys, war das erste Video der Band, das auch außerhalb von alternativen TV-Sendungen zu sehen war. Gedreht wurde es mit Hilfe von Bam Margera, der auch schon an HIMs Buried Alive By Love-Video beteiligt war.

Die nächsten Jahre verbrachten The 69 Eyes hauptsächlich auf Tour, so 2006 erstmals auch durch die USA, wo sie am 31. März auch einen Auftritt in einer NBC-Show von Carson Daly hatten.

Am 3. März 2007 wurde das Album „Angels“ veröffentlicht. Am 21. August 2009 wurde das Album „Back in Blood“ veröffentlicht.